水口宿にはローカル線の近江鉄道が通っていて、水口城南、水口石橋、水口の3つの駅周辺に宿泊施設が点在しています。
1日目終了予定の水口石橋駅から宿泊施設まではけっこう歩きますが、電車移動はかなりの時間を要するため水口宿周辺での宿泊をお勧めします。

10月第1週に滋賀国体が開催されることもあり、今回は予定を1週間前倒ししますが、それでも宿泊可能な宿が少なくなっています。
このリストでの予約ができなかった場合は、近江鉄道八日市駅(水口石橋駅から約45分)、JR草津線手原駅(水口石橋駅から約35分)にホテルがあります。
また、かなり遠くなりますが、滋賀県内のホテルを避けて亀山(水口石橋から約1時間~1時間20分)や四日市(水口石橋駅から約2時間)に宿泊する方法もあります。

※ホテル名をクリックするとホテルの公式ホームページに移動します。

水口宿周辺の宿泊施設

あや乃旅館
素泊まり4,730円~ 朝食付き5,280円 夕食朝食付き6,930円
水口石橋駅から徒歩約9分 全室和室 宿泊予約は電話が「じゃらん」で
※民宿です

  

ホテルニューミフク
素泊まり7,500円~ 朝食付き8,500円~
水口石橋駅から徒歩約17分

 

ビジネスホテル古城
素泊まり6,490円~ 朝食付き7,260円~
水口石橋駅から徒歩約18分 大浴場あり 和室あり
周囲に店舗なし。直近のコンビニ、スーパーまで20分程度。

 

水口センチュリーホテル
朝食付き13,400円~
水口石橋駅から徒歩約23分 朝食ビュッフェ形式

 

【参考】

JR草津線手原駅から徒歩約15分
ホテルルートイン草津栗東-栗東インター国道1号-

近江鉄道八日市駅前
ホテルルートイン東近江八日市駅前

亀山駅付近の宿泊施設

近鉄四日市駅付近の宿泊施設